童軍總會為了協調88水災的各項救災工作，已經在童軍會館3樓會議室成立救災協調中心。

救災協調中心由總會張自健秘書長擔任總指揮。協調中心將設資源募集、人員招募及公關媒體等三組。

資源募集工作項目包括募集經費及物資、人員招募為動員各地童軍伙伴協助救災及辦理救災行前訓練等工作，公關媒體負責媒體溝通與新聞發佈。

協調中心目前預定每日上午10時起至晚上8時辦公。收集、協調及發布各項資訊，研擬救災計畫與行動。